اتاق فكر طرحي جامع از اتاق ذهن است. يعني سازوكار اتاق فكر در ذهن صورت مي‌گيرد و خاصيت آن نه سخت‌افزاري كه نرم‌افزاري است.

    مسئله اتاق فكر بومي مسئله مفاهمه‌هاي فكر است. اين اتاق سه دوره متفاوت را گذرانده كه شامل مفاهمه فكر، منطق بنيادين فكر و پژوهشهاي فكر حكومتي است كه مباحث هر دوره در كتاب مستقلي مطرح شده است.
 شناسايي اتاق فكر مانند هر چيز جديدي بسيار دشوار و در عين حال كاري ممكن است. اتاق فكر مركزي براي شناسايي فكرپژوهان، فكرستانان و فكرسازان است. در اين حلقه استراتژيست براي مفهوم‌ستاني و مفهوم‌سازي در حوزه انساني فكرورزي صورت مي‌گيرد.
     اتاق فكر ما را به فكر پيوند مي‌دهد، ولي به جاي ما فكر نمي‌كند. يعني با تأسيس اتاق فكر مسئله فكركردن فراموش نمي‌شود، زيرا اتاق فكر فقط راهنمايي براي فكركردن در چارچوب است. اتاق فكر جايي براي ايستادن، نشستن و سكونت كردن نيست و راهي براي رفتن است. اين اتاق خانه يا پارك نيست، جاده است. بنابراين تأسيس اتاق فكر بدون پشتوانه مفاهمه فكر و منطق بنيادين فكر امري ممنوع است.
     وظايف اتاق فكر شامل اصالت بخشيدن به روش در چگونگي فكركردن، اعمال روش  جمع انديشانه در جامعه فكري، تجميع دانايي‌هاي مختلف در پرتو افكار متناظر، بهره گيري از استراتژيست‌هاي فكر در سياست پژوهي و استفاده از خردمندي روشن‌انديشان است.
  كاركردهاي اتاق فكر چند جانبه است:
1-ايده‌سازي، نظريه‌پردازي در زمينه سياست‌پژوهي و فرهنگ‌سازي فكر براي ايجاد تفاهم منطقي در جامعه فكري.
2-تصميم‌سازي استراتژيك در سياستگذاري و اعمال مديريت علمي بر پايه نو‌انديشي.
3-ارائه استراتژي مشخص براي شكل‌گيري سياست‌ها در قلمرو دولت، حكومت و جامعه سياسي.
4-احياي منطق بنيادين فكر برپايه فلسفه فكر براي تعامل افكار متناظر حكومتي.
5-ارتقاي فرهنگ فكر در جامعه فكري براي احياي منطق علم و به وجود آوردن دانش بنيادين.
     كانون‌هاي تفكر مراكز مطالعاتي و پژوهشي فكر محسوب مي‌شوند كه با تأملات بنيادين مفهوم‌پژوهي و مفهوم‌سازي مي‌كنند. يعني حلقه كانون‌هاي تفكر به منزله سياست‌پژوهي براي سياست‌سازي جهت سياستگذاري است.
    كانون‌هاي تفكر دو وظيفه مشخص دارند. يكي سياست‌پژوهي براي سياستگذاري در عرصه علم، سياست، دولت، حكومت، اجتماع و ديگر بررسي برنامه‌ها، سياست‌ها،  كشف تهديدها، فرصت‌ها، دريافت توانايي و ضعف‌هاست.
 اصول حاكم بر كانون‌هاي تفكر سه چيز است.
    الف: دانش‌پژوهي كه هر فكر نو بنيادي برشانه تجميع دانايي‌هاي روش‌مند قرار دارد.
    ب: فكر‌پژوهي كه دانش‌پژوهي برجاي آن  نمي‌نشيند.
   ج: سياست‌پژوهي براي سياستگذاري است. تجميع اين اصول موجب احياي فرهنگ فكر براساس منطق فكر مي‌شود.
   كرسي فكر كه عصاره منطق بنيادين  فكر است ضرورت مي‌يابد. به هر حال اتاق فكر و كانون‌هاي تفكر فكر نيستند، ولي ابزاري توانا براي احياي آن هستند. فكر چيزي است كه با كشف موانع فكرسازي و درك راهكارهاي  فكر‌سازي و توسعه فكر به وجود مي‌آيد. پس فكر بنا به منطق خردمندي مشق‌هاي نوشته شده نيست، ولي سرمشق‌هاي نوشته شده است.
   جنبش نرم افزاري علم، مدلي احيايي است و ساختار آن نيز در اين چارچوب تنظيم مي‌شود. جنبش نرم‌افزاري علم جنبش فرهنگي، علمي و فكري براي توليد علم است.
   اين جنبش با احياي نظريه‌هاي بومي و كاربردي درصدد توليد دانش به واسطه گستره علم نرم‌افزاري است.
 ساختار توليد علم در جامعه علمي ميسر مي شود. بديهي است ايجاد چنين ساختاري به سه صورت شكل مي‌گيرد:
   اول: كشف هسته مركزي علم براساس منطق احتمالات علمي.
   دوم: درك حقيقت علم برپايه آثار و لوازم منطق علمي.
   سوم: دريافت روشن از ساختار فرهنگي، اجتماعي و عقلاني علم در جامعه علمي.
    توليد علم به مديريت علمي در انديشيدن براي توليد علم و نشر علم نياز دارد. مديريت علمي بايد اولويت‌ها،‌ راهبردها و سياست‌ها را مشخص كند و با رفع محدوديت‌ها، امكانات را فراهم آورد. يعني مديريت علمي علم، مديريت سياست‌پژوهي براي سياستگذاري علمي است. به هر حال مديريت علمي در نظام سياستگذاري نخستين مديريت استراتژيك حكومتي است.